2017年，為了進一步捍衛市民舌尖上的安全，鄭州市食藥監局創新檢查方式,在食品生產企業監管方面引入第三方認證認可機構,參照危害分析與關鍵控制理念,對食品生產企業開展食品安全生產體系檢查，深層次分析企業在食品安全管理中存在的問題,及時發現并消除食品安風險。
食品生產企業食品安全生產體系檢查是依照國家法律法規、產品標準和生產規范的規定，運用會計理論和審計準則對食品生產企業的企業產品、食品安全管理包括財務管理等合法性、合規性、正確性、真實性、效益性進行審查和監督的一個過程。這種監管方式審核指標更加具體、檢查內容更全面、方法更科學有效，更有利于發現問題、處理問題、防范風險，有利于食品安全事中事后監管的整體效能，是監管部門開展日常監督檢查的有益補充。同時，食品安全生產規范體系檢查也是落實“放管服”要求的一項重要措施，可以幫助企業發現問題，為企業有效提高食品安全指明方向。市縣鄉三級監管人員，全過程參加食品安全生產體系檢查，既保證檢查工作的科學性、公正性，也可以使體系檢查過程變成教學現場，從更加專業的角度、風險防控的角度，教會基層監管人員查什么、如何查的方法，解決不會查、不敢查、不愿查、的心理恐慌。
2017年鄭州市食品藥品監管局共開展體系檢查企業150家，納入體系檢查的主要是大型企業及保健食品、食品添加劑、白酒、肉制品、飲料、調味面制品等高風險食品生產企業。承擔第三方體系檢查技術支撐任務的是通過招標選擇，具備食品安全管理體系認證（ISO22000）或危害分析與關鍵控制點體系（HACCP）認證資質的機構。體系檢查工作依據國家食藥監總局《食品生產日常監督檢查要點表》的規定項目，根據《食品生產日常監督檢查操作手冊》的判定原則，對生產環境條件、進貨查驗、生產過程、產品檢驗、貯存及交付控制、從業人員管理等食品安全控制措施及溯源體系建設、食品安全管理體系運行情況進行全面審查，及時從根本上發現食品安全管理問題和隱患，提高食品安全管控水平和效能。每次體系審核完成后，都會對這一個時段體系審核的情況進行分析，形成《食品生產安全規范體系檢查報告》，組織接受檢查及轄區監管人員參加的集中約談會、通報會、點評會，逐家通報分析在體系檢查中發現的問題，提出整改處置方案，發現屬于普遍性、行業性問題的，及時開展行業專項治理。
特別是在對小麥粉生產企業開展食品安全生產規范體系檢查中,發現小麥粉生產企業，為改善小麥粉的品質、增加白度、提高加工性能，普遍在小麥粉生產中加入一定量的谷朊粉、大豆蛋白、淀粉等，雖不會增加小麥粉食品安全風險。但是加入其他食品原料的小麥粉，就與《糧食、油料及其加工產品的名詞術語》（GB 8869-88）中關于“小麥加工而成的成品糧的統稱”的小麥粉定義不完全相符；此問題如不能妥善解決，會對行業的發展帶來嚴重影響。為明確該類產品的歸類問題和監管問題，鄭州市局通過省局向國家食藥監總局提交了相應請示，11月6日總局印發了《關于進一步加強小麥粉質量安全監管的公告》（2017年第132號），明確了該類產品的許可類別、相關要求和標簽標識規范，確認了此類生產工藝的合法性和管理原則，有效的化解了行業風險。
通過對150家食品生產企業食品安全生產規范體系的檢查。共幫助企業發現問題1861處，召開約談會通報會2次，下發風險提示2次；指導企業消除食品安全隱患363處，改進完善企業食品安全管理制度678處，檢查情況全部通過市局官網向社會公開，倒逼企業主體責任落實。

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